在获得长足发展的同时，植物提取物行业也积累了不少问题。正如周小明担忧的那样，植物提取物行业所造成的资源破坏和环境污染问题已经比较严重，尽管中国号称地大物博，但在植物提取物行业发展初期，中国企业处于较低的生产力水平，对植物资源采伐没有计划性，同时没有考虑植物的长期循环利用，而是破坏性地采挖，再加上国外企业对中国植物药资源采取低价掠夺方式，一些企业在利益驱动下，甚至不顾国家法律，严重破坏自然资源，如云南的红豆杉、甘肃的甘草和麻黄草等。
  我们的资源并非用之不竭。”周小明说，“企业在生产过程中产生的空气、水污染等问题如何解决也是值得我们思考的。”   国家科技部社会发展科技司生物技术与医药卫生处邹健强调研员对此也表示担忧。“我在陕西看到一些企业对土壤资源的破坏真是触目惊心。”邹健强指出，“今后植物提取物行业的发展应该考虑生态环境效益，把所有的成本都应该考虑进去，要好好地算一下成本账，看获得的效益是否能够补偿所产生的破坏性损失。企业也应该考虑一下，今后出口产品时应该怎样报价。”
  “天然资源，再生不易。”邹健强还认为，当前的植物提取技术水平还有待提高，“资源利用率并不高。该要什么、不要什么，并不十分清楚。在这方面，石油行业的资源利用率就非常高，值得借鉴。”
  中国医药保健品进出口商会植物提取物分会副理事长、湖南九汇药业有限公司总经理曾建国指出，资源保护、环境污染矛盾凸现有其历史根源：一是产业产品不集中的资源破坏性是看不见的；二是分散提取造成极大的产业资源浪费；三是分散提取造成的环境污染是隐蔽性破坏；四是提取物产业的兴起使产业集中从而导致矛盾凸现。
  “植物提取物行业绝不能承载‘过度破坏环境’的恶名。”曾建国认为，今后除了要适度地进行资源开发外，还应该增加产业集中与循环经济的关系研究。
  据悉，国内植物提取物企业发展初期，企业规模较小，没有市场研发和技术研发力量，多数企业在市场和产品选择时主要是采取跟风的行为，产品生产一哄而上，无计划性，导致产品积压，最终结果是采取低价竞争，影响了整个行业的发展。总的来说，与国内其他医药生产企业一样，植物提取物企业也存在着数量多、规模小、效益低、多数厂家产品单一、抗风险能力低等现状；此外，产品质量不统一，缺乏统一有效的控制。
  “以下三方面的问题也值得我们重视。”周小明强调，“第一，想办法提高植物提取物的深加工，卖上好价钱；第二，开发一些新产品，提高科技含量，防止恶性竞争，大企业应该‘先走一步’；第三，搞一些标准出来，目前植物提取物的检测标准和方法不多，跟人家说不清楚，做出来的东西不符合客户的要求。